Personalità non priva di tratti pittoreschi, appartiene agli ambienti della Scapigliatura milanese, di cui è caratteristico rappresentante, distinguendosi come poeta e come autore drammatico. Attivo anche come giornalista, compie frequenti viaggi testimoniati da libri come Montecarlo e Fra gli Arabi. In seguito agli avvenimenti politici del 1898 sarà costretto a rifugiarsi in Svizzera. Come librettista è collaboratore, tra gli altri, di Alberto Fiacchetti (Asrael, 1883 e Il signor di Pourceaugnac, 1897). Autore anche di libretti per operette, traduce quello della Vedova allegra di Léhar.

Il rapporto con Puccini: dopo il felice esordio de Le villi, Ricordi lega Puccini al Fontana nel contratto per la successiva opera, ma la nuova collaborazione si rivelerà problematica per la scarsa disponibilità del librettista ad adattarsi alle esigenze del compositore e ad accettare qualunque suggerimento. Così, dopo l'insuccesso dell'Edgar, che Ricordi attribuisce alla debolezza del libretto, sottolineandola in un articolo sulla sua Gazzetta Musicale a difesa di Puccini, la collaborazione tra Fontana e il musicista viene interrotta.
È da ricordare, tuttavia, che Puccini comincia ad interessarsi a Tosca, già nel 1889, proprio su consiglio del Fontana, che perciò si sentirà danneggiato quando la stesura del libretto sarà affidata a Illica e Giacosa.

Libretti pucciniani curati da Fontana: Le villi (1884); Edgar (1889).